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"Bowtie eine sehr schnelle, Speicher-effiziente kurze lesen Aligner"
Bowtie eine sehr schnelle, effiziente Speicher Aligner ist eine kurze lesen. Es () für das menschliche Genom mit einer Rate von 25 Millionen Lesern pro Stunde ist ein typischer Arbeitsplatz mit 2 Gigabyte Speicher liest und richtet kurze DNA-Sequenzen. Genome mit einer Burrows-Wheeler-Index Bowtie Indizes eigenen Speicher zu halten der Struktur klein: 1,3 GB für das menschliche Genom. Aber viel schneller Anpassungsmaßnahmen gleichwertig Maq und SOAP-Unterstützung: ca. 35x schneller als Maq und im Laufe der Zeit das menschliche Genom zu 350x schneller als SOAP-Ausrichtung.

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Features:
Es wurden alle bekannten Probleme --unfa/--unfq Optionen:
Themen nicht mehr richtig funktioniert auch.
Problem behoben, bei dem manchmal die entgegengesetzte Position und waren quals.
Feste und andere Fragen betrügerische Unterlassung verursacht unaligned liest.
Added-m-Grenze, weil --maxfa/--maxfq nicht trennen Optionen, die ergriffen wurden, um ausrichten kann liest, dass jeder Leser auszurichten.
Alignment Ausgang jetzt "ist garantiert deterministische sogar mehrere Threads verwendet werden, also mit den gleichen Eingang in beliebiger Reihenfolge () und das gleiche in -. Saatgut, Fliege, aber nicht unbedingt in der gleichen Reihenfolge bei jeder Ausführung die gleichen Sequenzen produzieren Leser. Dies gilt nicht zwischen den verschiedenen Versionen Bowtie halten.
Mehrere andere Bugfixes. Jetzt können Sie kostenlos herunterladen Bowtie 0.9.9.3.